Պոլսոյ գրաւումին յաջորդող օրերուն Ֆաթիհ Սուլթան Մէհմէտ Բ. Պրուսայի եպիսկոպոս Յովակիմը 1461ին ճանչցած է որպէս Պատրիարքը Օսմանեան Կայսրութեան Արեւելեան Ուղղափառ Քրիստոնեայ հպատակներուն եւ զայն լիազօրելով այն առանձնաշնորհումներով եւ իրաւունքներով զորս ճանչցած էր Յունաց Պատրիարքին համար։

Յովակիմ Պատրիարք իր աթոռը հաստատեց 1461ին Սամաթիոյ Բիւզանդական վանքի մը մէջ։ Յովակիմ Պատրիարքէն ետք մինչեւ Դաւիթ Ա. Արեւելցի քսան պատրիարքներ գահակալած են Սամաթիոյ մէջ։ 1641ին Դաւիթ Ա. Արեւելցին Պատրիարքական Աթոռը վերջնականապէս կը փոխադրէ Գումգաբու ուր մինչեւ այսօր կը շարունակէ գոյատեւել որպէս հոգեւոր կեդրոնը Թուրքիոյ Հայ Համայնքին։ 1718ին, Յովհաննէս Կոլոտ Բաղիշեցի Պատրիարքի շրջանին, երեսունեւչորս ժամ տեւող հրդեհի մը հետեւանքով Եկեղեցին ու Պատրիարքարանը հրոյ ճարակ կը դառնան։ Սակայն, կարճ ժամանակի մէջ կը վերակառուցուին։ 1820ին կրկին հրոյ ճարակ կը դառնայ եւ երկրորդ անգամ կը վերակառուցուի ճարտարապետ Յովհաննէս Սէրվէրեան Աղայի կողմէ։ 1826ին դարձեալ հրոյ ճարակ դարձած Պատրիարքարանը 1828ին երրորդ անգամ կը վերակառուցուի արքունի ճարտարապետ Գրիգոր Ամիրա Պալեանի եւ Կարապետ Տէօվլէթեանի կողմէ։ Ի վերջոյ Պատրիարքարանի ներկայ շէնքը 1913ին կը վերակառուցուի Յովհաննէս Արշարունի Պատրիարքի շրջանին։

Առաջին Համաշխարհային Պատերազմի նախօրեակին Պատրիարքական Աթոռի իրաւասութեան սահմանները կը տարածուէին Արեւելեան Անատօլուէն մինչեւ Հիւսիսային Ափրիկէ, Թրակիայէն մինչեւ Եւրոպա եւ դէպի արեւմուտք Ամերիկայի նորահաստատ Հայ համայնքներու վրայ։

Պոլսոյ Պատրիարքական Աթոռը Հայ Եկեղեցւոյ չորս նուիրապետական Աթոռներէն մին է։ Ներկայիս Պատրիարքական Աթոռը Հոգեւոր Կեդրոնն է Թուրքիոյ եւ Կրետէ Կղզիի Հայ համայնքներուն եւ կը պահէ իր զգացական կապը նախկին Պոլսահայերու հետ, որոնք կ՚ապրին ի սփիւռս աշխարհի՝ հեռու իրենց ծննդավայրէն։

Ստանպուլահայ ժողովուրդը ներկայիս կ՚ընտրէ եկեղեցիներու վարչութիւնները եւ այսպիսով իր գործօն մասնակցութիւնը կը բերէ եկեղեցիներու մատակարարութեան։ Նաեւ ժողովուրդը կտակած է կալուածներ որոնց եկամուտը կու գայ միանալ հաւատացեալներու հաւատքի լումաներուն։ Հետեւաբար շատ հանգիստ սրտով կրնանք ըսել թէ ժողովուրդը կը դիմագրաւէ իր աղօթքի տան ծախքերը։

Թուրքիոյ Հայոց Պատրիարքական Աթոռի այժմու գահակալն է Ն.Ա.Տ. Մեսրոպ Ս. Արք. Մութաֆեան, ընտրուած 20 Նոյեմբեր 1998 թուականին որպէս 84. Պատրիարք։ Նորին Ամենապատուութեան ջանքերով 2000-2004 թուականներուն կատարուեցաւ Պատրիարքարանի շէնքին հիմնական վերջին նորոգութիւնը բարերարներու նիւթական օժանդակութեամբ։