Գահակալներից շատերը (սկսած Հովհաննես Բ Թլկուրանցուց, 1489–1525) ստիպված երկրորդ աթոռանիստ են դարձրել Հալեպը, Ադանան, երբեմն էլ՝ մնացել թափառական, աքսորվել կամ սպանվել: Հատկապես 16-17-րդ դարերուն Ամենայն հայոց և Սսի կաթողիկոսությունների միջև սկսվել են վեճեր կաթողիկոսական իրավասությունների սահմանների և եպիսկոպոսական  ձեռնադրությունների վերաբերյալ, որոնք սուր բնույթ են ստացել Ամենայն հայոց կաթողիկոս Փիլիպոս Ա Աղբակեցու և Սսի կաթողիկոս Սիմեոն Բ Սեբաստացու (1633–48) օրոք: Ներսես Ա Սեբաստացու (1648–54) ժամանակ փոխըմբռնման և համագործակցության մթնոլորտ է ստեղծվել Մայր աթոռի և Կիլիկիո կաթողիկոսության միջև, ինչն արտահայտվել է 1651-ի Երուսաղեմի եկեղեցական ժողովում: Ամենայն հայոց կաթողիկոս Փիլիպոս Ա Աղբակեցին Երուսաղեմի ժողովին մասնակցելու նպատակով այցելել է Հալեպ (այստեղ էր գտնվում Սսի աթոռը) և հանդիպել Ներսես Ա Սեբաստացու հետ: Երկու հայրապետները Զատկի տոնի առթիվ մեծ շուքով ուխտի են գնացել Սուրբ Երուսաղեմ և ապա մասնակցել ժողովին: 16-17-րդ դարերուն մահմեդական ցեղերի ճնշումներից պաշտպանվելու նպատակով Կիլիկիո կաթողիկոսներից ոմանք, հռոմական եկեղեցուն ծիսաարարողական որոշ զիջումներ անելու խոստումով, փորձել են շահել Հռոմի պապերի հովանավորությունն ու աջակցությունը: Կիլիկիո կաթողիկոսությունը և աթոռանիստ Սիսը դարձրել են սսականության կենտրոն (Կ. Պոլսի հայոց պատրիարքության հետ), որը պայքարում էր էջմիածնականության դեմ: Սսականության ղեկավարներ Սսի կաթողիկոս Խաչատուր Գ Գաղատացին և Եղիազար Այնթապցին որոշակի դեր են խաղացել հասարակական բախումների և խռովություններ հրահրելու, արևմտահայ թեմերը Էջմիածնի Հայոց կաթողիկոսությանը հակադրելու գործում: Պայքարը մեղմացել է 1680-ական թթ, երբ էջմիածնականները, պառակտմանը վերջ տալու նպատակով, Ամենայն հայոց կաթողիկոս են ընտրել սսականության առաջնորդ Եղիազար Ա Այնթապցուն: Այնուհանդերձ, Կիլիկիո կաթողիկոսությունն այդ շրջանում ևս շարունակել է իր հոգևոր ազգային ծառայությունը մատուցել ժողովրդին, կարողացել է պահպանել հայոց ավանդույթները և նպաստել Հայ եկեղեցու ինքնուրույնությանն ու անկախությանը: Այդ գործում հատկապես աչքի են ընկել Աջապահյաններն իրենց հակալատին դիրքորոշմամբ: 1733–1865-ին շարունակաբար տիրելով Կիլիկիո կաթողիկոսության աթոռին՝ նրանք վերջ են դրել աթոռակալական կռիվներին: 1909-ի Ադանայի կոտորածի, ապա Մեծ եղեռնի հետևանքով Կիլիկիան հայաթափվել է (հիմնականում՝ 1920–22-ին): Ջարդերից փրկվածները գաղթել են առավելապես Սիրիա, Լիբանան: 1921-ի դեկտեմբերից Սիսը դադարել է Կիլիկիո կաթողիկոսության աթոռանիստ լինելուց, իսկ 1922-ի սկզբին կաթողիկոսարանը մատնվել է ավերի ու թալանի: Կաթողիկոս Սահակ Բ Խապայանը (1902–39), հավաքելով կաթողիկոսարանի հնություններն ու հարստությունները, փոքրաթիվ կիլիկիահայերի հետ տարագրվել է արաբական երկրներ: 1922–30-ին Կիլիկիո կաթողիկոսությունը Երուսաղեմի հայոց պատրիարքության, հայկական մի շարք միությունների ու կազմակերպությունների, ինչպես նաև առանձին գործիչների օժանդակությամբ զգալի աշխատանք է կատարել կոտորածներից փրկված ու Սիրիայում, Լիբանանում, Կիպրոսում ապաստանած հայությանը համախմբելու, հազարավոր որբերի խնամելու, որբանոցներ ու վարժարաններ բացելու համար: Ինը տարի Լիբանանի և Սիրիայի զանազան շրջաններ տեղափոխվելուց հետո, 1930-ի հուլիսին կաթողիկոսարանը հաստատվել է Անթիլիասում (Բեյրութի մոտ): Կիլիկիո աթոռը մինչև 1915-ը ունեցել է 13 թեմ [Սիս, Ադանա, Հաճն, Բայաս, Բերիա (Հալեպ), Մարաշ (Ուլնիա), Ֆրնուզ, Այնթապ, Անտիոք, Մելիտենե, Յոզկաթ, Կյուրին և Կիպրոս], որոնցից Մեծ եղեռնից հետո միայն Հալեպի թեմն էր մնացել: Կիլիկիո կաթողիկոսության թեմերը վերակազմավորելու հարցով 1929-ի ապրիլի 30-ին, Գևորգ Ե Սուրենյանց կաթողիկոսի հանձնարարությամբ Երուսաղեմ է մեկնել հայրապետական պատվիրակ և Եգիպտոսի թեմի առաջնորդ Թ. արքեպիսկոպոս Գուշակյանը: Երուսաղեմի հայոց պատրիարքությունն Ամենայն հայոց կաթողիկոսի օրհնությամբ Կիլիկիո աթոռին է փոխանցել պատրիարքությանը պատկանող Դամասկոսի, Բեյրութի, Լաթաքիայի, Անտիոքի, Հալեպի, Կիպրոսի եկեղեցիները, կալվածները, վարժարանները և առաջնորդարանները: Այսպիսով, 1930-ական թթ. Կիլիկիո աթոռն ունեցել է չորս վերակազմավորված թեմեր՝ Բերիա (Հալեպ), Դամասկոս, Լիբանան և Կիպրոս: Ունենալով հիմնական հանգրվան և գործելու բարենպաստ պայմաններ՝ Կիլիկիո կաթողիկոսությունը հետագա տարիներին ապրել է իր ծաղկման շրջանը: Սահակ Բ Խապայանի, աթոռակից կաթողիկոս Բաբկեն Կյուլեսերյանի ջանքերով վերակազմվել է կաթողիկոսարանը, հիմնվել տպարան, 1930-ին վերաբացվել դեռևս դարասկզբին Սահակ Բ Խապայանի հիմնած Դպրեվանքը, հրատարակվել (1932-ից) կաթողիկոսարանի «Հասկ» պաշտոնական պարբերականը և այլն: Կաթողիկոս Պետրոս Ա Սարաճյանի (1940) ջանքերով և նվիրատվություններով ամերիկյան Նպաստամատույց ընկերությունից գնվել է Անթիլիասի կալվածքը, որը 1922–23-ին ծառայել է որպես որբանոց՝ պատսպարելով Մեծ եղեռնից փրկված ավելի քան 1400 հայ որբերի: Նրա ջանքերով կառուցվել են նաև Դպրեվանքի նոր շենքը, Սուրբ Գրիգոր Լուսավորիչ Մայր տաճարը, ապրիլյան նահատակների հիշատակին նվիրված Սուրբ Ստեփանոս մատուռը, որտեղ զետեղվել է Դեյր էզ Զորի անապատից հավաքված՝ հայ ժողովրդի զավակների անթաղ ոսկորների մի մասը: Հոգևոր-մշակութային կյանքի զարգացումը շարունակվել է նաև հետագայում, հատկապես Գարեգին Ա Հովսեփյանի օրոք: 1952-ից ի վեր թափուր մնացած Կիլիկիո աթոռը սառը պատերազմի տարիներին դարձել է քաղաքական շահարկումների առարկա (մինչև նոր կաթողիկոսի ընտրությունը Կիլիկիո կաթողիկոսությունը ղեկավարել է կաթողիկոսական տեղապահ Խադ արքեպիսկոպոս Աջապահյանը), ինչը 1956-ին հանգեցրել է երկու աթոռների փոխհարաբերությունների սրմանը և ոտնձգությունների Ամենայն հայոց կաթողիկոսության ենթակա սփյուռքի թեմերի հանդեպ: 1957-ից սփյուռքի մի շարք թեմեր, որոնք ավանդաբար կապված էին Մայր աթոռ Սուրբ Էջմիածնի հետ, անցել են Մեծի Տանն Կիլիկիո կաթողիկոսության իրավասության ներքո: Առանց Մայր աթոռ Սուրբ Էջմիածնի հաստատման և հակականոնական որոշումներով Անթիլիասի աթոռին են միացվել ԱՄՆ-ի Արևելյան թեմի մի մասը, Հունաստանի թեմը և Իրանի երեք թեմերը (Թեհրանի, Սպահանի և Ատրպատականի): Ավելի ուշ կազմվել են Հյուսիսային Ամերիկայի Արևմտյան ու Քուվեյթի և Արաբական ծոցի երկրների թեմերը: 1962-ին Կիլիկիո կաթողիկոսությունը ներգրավվել է էկումենյան շարժման մեջ՝ դառնալով Եկեղեցիների համաշխարային խորհրդի անդամ, դիտորդներ ուղարկել Վատիկանի 2-րդ ժողովին: Նայրոբիի (Քենիա) համաժողովում (1975) Կիլիկիո կաթողիկոսության ներկայացուցիչ Գարեգին եպսկոպոս Սարգիսյանը (1983–95-ին՝ Կիլիկիո կաթողիկոս Գարեգին Բ, 1995–1999-ին՝ Ամենայն Հայոց կաթողիկոս Գարեգին Ա Սարգիսյան) ընտրվել է Եկեղեցիների համաշխարային խորհրդի փոխատենապետ (մինչև 1983-ը):

1991-ի Կանբեռայի (Ավստրալիա) համաժողովում Կիլիկիո կաթողիկոսության մեկ այլ ներկայացուցիչ՝ Արամ արքեպիսկոպոս Քեշիշյանը (այժմ՝ կաթողիկոս Մեծի Տանն Կիլիկիո Արամ Ա Քեշիշյան) ընտրվել է Եկեղեցիների համաշխարային խորհրդի կենտրոնական և գործադիր վարչությունների ատենապետ (վերընտրվել է 1998-ին): Կիլիկիո կաթողիկոսությունը մեծ դեր է խաղացել 1974-ին Միջին Արևելքի Եկեղեցիների խորհրդի հիմնադրման աշխատանքներում: Նա իր միջեկեղեցական հարաբերությունները շարունակում է նաև Անգլիկան եկեղեցու և ավետարանական (բողոքական) եկեղեցիների հետ: Մասնակից է արաբական երկրների՝ հատկապես Լիբանանի և Սիրիայի անկախությանն ի նպաստ կատարվող աշխատանքներին: Միջազգային և միջեկեղեցական բարձր մակարդակներում պաշտպանում է ճնշված ժողովուրդների դատը՝ միշտ գտնվելով արաբական երկրների կողքին: Կաթողիկոսությունը Միջին Արևելքի երկրներում զգալի աշխատանք է կատարում իսլամքրիստոնյա երկխոսության զարգացման, այդ ժողովուրդների համատեղ, խաղաղ գոյակցության պայմանների ստեղծման ուղղությամբ: Հատուկ ուշադրություն է նվիրում սփյուռքի, հատկապես Միջին Արևելքի երկրների հայության կյանքի ընկերային, մշակութային, հոգևոր ոլորտներին: Կազմակերպել և առաջնորդել է սփյուռքի տարբեր գաղութներ, կառուցել նոր եկեղեցիներ, դպրոցներ, ստեղծել մշակութային ու մարզական ակումբներ: Կաթողիկոսության հովանու տակ են գտնվում Լիբանանի Ջուբեյլ քաղաքում գտնվող հայկական որբանոցը (Թռչնոց բոյն), Լեռնային Լիբանանում՝ Ազգային բուժարանը, Արևելյան Բեյրութում՝ Ծերանոց-կուրանոցի համալիրը, ժողովրդին հատկացված բնակարանների մի ամբողջ համալիր Ֆանարում (Բեյրութ), ինչպես նաև կրթական ու բարեգործական կենտրոններ հատկապես Լիբանանում, Սիրիայում և Հունաստանում: Կաթողիկոսարանն ունի թանգարան, ձեռագրատուն, մատենադարան, տպարան, Զարեհյան դամբարան, որտեղ ամփոփված են Կիլիկիո կաթողիկոսության Անթիլիասի շրջանի կաթողիկոսները և միաբանները: Կաթողիկոսությունն ունի միջեկեղեցական հարաբերությունների, քրիստոնեական դաստիարակության հատուկ գրասենյակներ, բազմաթիվ գրականական մրցանակներ, կրթաթոշակներ, Խաչեր Գալստյան մանկավարժական կենտրոն, կիրակնօրյա վարժարանների վարիչ-տնօրինություն և այլն: Միություններից հայտնի է Հայաստանյայց եկեղեցու համալսարանական երիտասարդների միությունը: Գարեգին Բ-ի օրոք վերստին կյանքի է կոչվել Գարեգին Ա Հովսեփյանի ժամանակ հիմնադրված «Հասկ հայագիտական» կրոնաբանասիրական տարեգիրքը, իսկ Մայրավանքի տպարանում լույս են տեսել հարյուրավոր աստվածաբանական, պատմական, հայագիտական գրքեր: Ղարաբաղյան շարժման սկզբնավորումից, 1988-ի դեկտեմբեր 7-ի ավերիչ երկրաշարժից և հատկապես Հայաստանի անկախության հռչակումից հետո Կիլիկիո կաթողիկոսությունը Ամենայն հայոց կաթողիկոս Վազգեն Ա-ի նախաձեռնությամբ և Մեծի Տանն Կիլիկիո կաթողիկոս Գարեգին Բ-ի գործուն օժանդակությամբ մեծ ջանքեր է գործադրել Հայ եկեղեցու միության ու միասնության ամրապնդման գործում, Ամենայն հայոց կաթողիկոսության հետ միասին իր մասնակցությունն է բերել մայր հայրենիքի վերաշինության, հայրենի անկախ պետականության ամրապնդման գործին: Կիլիկիո կաթողիկոսությունը ղեկավարվում է իր կանոնադրությամբ, որը մշակվել է 1860-ի Ազգային սահմանադրության սկզբունքներով: Յուրաքանչյուր թեմ ունի իր սահմանադրությունը: Մեծի Տանն Կիլիկիո կաթողիկոսը գլուխն է Ազգային ընդհանուր ժողովի, որն ընտրում է Ազգային կենտրոնական կրոնական և քաղաքական ժողովները: Կարևոր հարցերի քննարկման համար Կիլիկիո կաթողիկոսը հրավիրում է համատեղ ժողովի նիստ: Ներկայումս (2001) Մեծի Տանն Կիլիկիո կաթողիկոսության հոգևոր ծառայությունն են վայելում Լիբանանի (Բեյրութ), Բերիո (Հալեպ), Հյուսիսային Ամերիկայի Արևելյան նահանգների և Կանադայի (Նյու Յորք, ընդգրկում է նաև Վենեսուելայի հոգևոր հովվությունը), Հյուսիսային Ամերիկայի Արևմտյան (Լոս Անջելես), Կիպրոսի (Նիկոզիա), Թեհրանի (Թեհրան), Իրանա-Հնդկաստանի (Սպահան), Ատրպատականի (Թավրիզ), Հունաստանի (Աթենք), Քուվեյթի և Արաբական ծոցի երկրների (Էլ Քուվեյթ) թեմերը: Լիբանանի թեմ: Կազմավորվել է 1929-ին՝ Կիլիկիո կաթողիկոսության ենթակայության ներքո: Առաջնորդանիստը՝ Բեյրութի Սուրբ Նշան Մայր եկեղեցի: Մինչ այդ՝ 19-րդ դարի կեսից սկսած Լիբանանի հայ առաքելական եկեղեցիները գործել են Երուսաղեմի հայոց պատրիարքության ենթակայությամբ: Թեմն իր գործերը վարում է 1860-ի Ազգային սահմանադրության բարեփոխված տարբերակի հիման վրա: Համայնքի Գավառական ժողովն ընտըրվում է ժողովրդի կողմից և լիազորված է ընտրելու համայնքի թեմակալ առաջնորդին և քաղական ու կրոնական ժողովների անդամներին: Քաղաքական ժողովը համայնքի գործադիր մարմինն է և նշանակում է առաջնորդարանի ուսումնական, տնտեսական, դատաստանական, կալվածների և այլ խորհուրդների անդամներին: Կրոնական ժողովն զբաղվում է համայնքի հոգևոր ու կրոնական հարցերով: Լիբանանի համայնքի ներկայացուցիչը թեմական առաջնորդն է, որը նախագահում է գավառական, քաղքական ու կրոնական ժողովների նիստերը և քաղաքական ժողովի կողմից նշանակված խորհուրդների հետ վարում համայնքի ընթացիկ գործերը: Լիբանանի տարածքում հայ առաքելական հնագույն Սուրբ Նշան եկեղեցին կառուցվել է Բեյրութում, 1851-ին՝ Երուսաղեմի հայոց պատրիարքության կողմից Սուրբ Երկիր գնացող հայազգի ուխտավորների համար: 1920-ական թթ. սկզբին Լիբանանի հայկական գաղթակայաններում կառուցվել են փայտաշեն ու թիթեղաշեն եկեղեցիներ, որոնցից Սուրբ Խաչ եկեղեցին՝ Բեյրութի վրանաքաղաքում: Հետագայում Բեյրութի հայաբնակ տարբեր թաղամասերում և Լիբանանի նկատելի հայ բնակչություն ունեցող այլ քաղաքներում ու գյուղերում կառուցվել են մի շարք քարաշեն եկեղեցիներ, որոնցից Բեյրութում ցայսօր գործում են Սուրբ Հարություն, Սուրբ Գևորգ, Սուրբ Հակոբ, Սուրբ Հովհաննես Կարապետ, Սուրբ Սարգիս, Սուրբ Աստվածածին, Սուրբ Վարդանանց և Սուրբ Քառասուն Մանկանց եկեղեցիները: Այնճար հայաբնակ գյուղում 1959-ին կառուցվել է Սուրբ Պողոս եկեղեցին: Զահլե քաղաքում հայերը սկզբնական շրջանում օգտագործել են հույն ուղղափառ համայնքի Սուրբ Նիկոլա եկեղեցին: 1929-ից գործում է Սուրբ Գրիգոր Լուսավորիչ եկեղեցին: Ջուբեյլ քաղաքում գործում է Սուրբ Գայանե եկեղեցին: Ջունիյա քաղաքում 1956-ին, Կյուլապի Կյուլպենկյանի բարերարությամբ, կառուցվել է Սուրբ Հարություն եկեղեցին: Տրիպոլի քաղաքում 1962-ին Գալուստ Կյուլպենկյանի նվիրատվությամբ կառուցվել է Սուրբ Հոգեգալստյան եկեղեցին: Անցյալում հայ առաքելական եկեղեցիներ են գործել նաև Սայդա և Սուր քաղաքներում (ներկայումս հայեր գրեթե չեն բնակվում): Եկեղեցիներին կից գործում են ամենօրյա և կիրակնօրյա դպրոցներ: 1929-ից Լիբանանի թեմի կաթողիկոսական փոխանորդի և հետագայում՝ առաջնորդի պաշտոնը վարել են Եղիշե եպիսկոպոս Կարոյանը (1929–1940), Ներսես վարդապետ Հարությունյանը (տեղապահ՝ 1940–42-ին), Արտավազդ արքեպիսկոպոս  Սյուրմեյանը (1942–46), Խադ արքեպիսկոպոս Աջապահյանը (1946–51), Խորեն արքեպիսկոպոս Բարոյանը (1951–63), Տաճատ արքեպիսկոպոս Ուրֆալյանը (1963–78), Արամ արքեպիսկոպոս Քեշիշյանը (1978–95): Թեմի առաջնորդն է Գեղամ եպիսկոպոս Խաչերյանը (1995-ից):