Երկրորդ համաշխարհային պատերազմի ավարտից հետո Էստոնիայում մշտական բնակություն են հաստատել հակահիտլերյան կոալիցիայի կողմից կռված և Էստոնիայում գերմանական գերության մեջ եղած, ինչպես նաև խորհրդային բանակից զորացրված հայեր։ Հետագա տարիներին (Էստոնիայում խորհրդային իշխանության ժամանակաշրջանում) այստեղ հաստատվել են Ռուսաստանից և Խորհրդային Միության այլ հանրապետություններից գործուղված հայ մասնագետներ։ 1989-ի մարդահամարի տվյալներով՝ Էստոնիայում բնակվել է 1600 հայ։ 2009-ի տվյալներով հայերի թիվը երկրում շուրջ 3 հազար է։ Բնակվում են հիմնականում Տալլինում և Տարտուում, սակավ թվով՝ Նարվայում, Պյառնուում, Կոհտլա Յարվեում և այլն։ Հայերի մեջ մեծ թիվ են կազմում մտավորականները՝ ճարտարագետներ, բժիշկներ, լրագրողներ, մշակույթի գործիչներ, արդյունաբերական և առևտրական ընկերությունների ղեկավարներ։

այերի համայնքային կյանքն Էստոնիայում սկզբնավորվել է 1980-ականների վերջին՝ համընկնելով Էստոնիայում ծավալված ժողովրդավարական գործընթացներին և Ղարաբաղյան շարժման առաջ բերած ազգային զարթոնքին։ 1989-ին Էստոնիայի իշխանությունները գրանցել են Տալլինի և Տարտուի հայկական մշակութային ընկերությունները։ Երկու ընկերություններին կից բացվել են հայկական կիրակնօրյա դպրոցներ։ 1989-ին Տալլինում լույս է տեսել Հայկական մշակութային ընկերության «Վահագն» թերթի առաջին համարը։ Գործում է եկեղեցի, եթեր է հեռարձակվում «Ծիծեռնակ» ռադիոհաղորդումը։

1988-ի Սպիտակի երկրաշարժից հետո էստոնահայ համայնքի և Էստոնիայի հասարակայնության ջանքերով Հայաստան են ուղարկվել առաջին անհրաժեշտության ապրանքներ և դրամական միջոցներ։

1990-ականների սկզբին հայ համայնքի ներկայացուցիչները մասնակցել են երկրի անկախության վերականգնման համար էստոնական ժողովրդի ծավալած քաղաքական պայքարին։ Յու. Վարդանյանը ընտրվել է Էստոնիայի ժողովրդական ճակատի 1-ին համագումարի պատգամավոր, իսկ Ռ. Գրիգորյանը՝ ժողովրդական ճակատի վարչության անդամ։

1999-ին Տալլինում բացվել է Հայ մշակույթի կենտրոն (գտնվում է քաղաքի կենտրոնական մասում, Ֆրանսիական մշակութային կենտրոնի և էստոնացի լեհերի «Պոլոնիա» ընկերության հետ միևնույն շարքում)։

Հայաստանյայց առաքելական եկեղեցու Էստոնիայի կրոնական համայնքը (Ս. Գրիգորի ծուխ) պաշտոնապես գրանցվել է 1993-ի նոյեմբերին, Տալլինում։ Նույն թվականին անդամակցել է Էստոնիայի եկեղեցիների խորհրդին։ 1994-ին Էստոնիայի ավետարանական եկեղեցու խորհուրդն Էստոնիայի հայ համայնքին է հանձնել (անհատույց օգտագործման, 99 տարով) Տալլինի Ս. Իանի անկելանոցի շենքը (16-17րդ դդ.), որը վերակառուցվելուց հետո գործում է որպես հայկական եկեղեցի։ Եկեղեցական խորհուրդը գլխավորում է Կարեն Տեր-Հովհաննիսյանը։ Համայնքի հոգևոր ղեկավարությունն իրականացնում է Սանկտ Պետերբուրգի հայոց հոգևոր հովվությունը, որն ընդգրկված է Նոր Նախիջևանի և Ռուսաստանի թեմի կազմում։

Էստոնիայի առաջին հայկական դպրոցը (կիրակնօրյա) գործում է 1989-ից՝ Տալլինի հայկական մշակութային ընկերությանը կից (հիմնադիր-տնօրեն՝ Տալլինի մանկավարժական ինստիտուտի դոցենտ, բանասեր Արտեմ Դավիդյանց)։ Կիրակնօրյա դպրոց է գործում նաև Տարտուի հայկական ազգային միավորմանը կից (հիմնադիր՝ Տարտուի համալսարանի դասախոս Ռաֆիկ Գրիգորյան)։ Դպրոցն ունի երկու խումբ՝ հայերեն տիրապետողների և չտիրապետողների համար։

Էստոնիայում հայ քաղաքական կուսակցություններ չկան։ Համայնքի հասարակական կյանքը կազմակերպում են Տալլինի և Տարտուի Հայկական ազգային միավորումները։ Նրանց գործունեությունը համադրում է Էստոնիայի Հայկական ազգային միությունը (պաշտոնապես գրանցվել է 1998-ին). միության վարչության նախագահն է Գարիկ Իկնոյանը։

Տալլինի և Տարտուի հայկական ազգային միավորումների նախաձեռնությամբ երկրի հեղինակավոր սրահներում պարբերաբար կազմակերպվում են հայ արվեստի ցուցահանդեսներ, համերգներ և այլն։ Հիշատակելի է 1991-ին Տալլինում կազմակերպված «Հայաստանի տուն» փառատոնը, որի շրջանականերում տեղի են ունեցել էստոնահայ և հայաստանցի գեղանկարիչների ստեղծագործությունների ցուցահանդես, մշակութային այլ միջոցառումներ։ 1993-ին Տալլինում կազմակերպված էստոնահայ նկարիչների և քանդակագործների ստեղծագործությունների ցուցահանդեսն արժանացել է հանրապետական մամուլի բարձր գնահատանքին։

Համայնքում հայտնի անուններ են գեղանկարիչներ Աշոտ Թանդելյանը, Վահան Անանյանը (Կիլպ-Վահան), Արագած Կալաչյանը, Աշոտ Եղիկյանը, Ալբերտ Մամյանը, քանդակագործներ Ռաֆայել Հարությունյանը, Ռաֆայել Դանիելյանցը, երգահան Բորիս Փարսադանյանցը, ջութակահար Հասմիկ Աղիկյան-Մատսովը, դաշնակահար Անդրանիկ Քեչեկը։ Տալլինում մինչև 1996-ը գործել է գեղանկարիչ Արսեն Կլյանի գեղարվեստի դպրոցը։

Տալլինում է ապրել թարգմանիչ և բանաստեղծ Յուրի Շումակովը (1914-1997), որը դեռևս 1930-ականներին առաջին անգամ էստոներեն է թարգմանել հայ բանաստեղծների երկերը։ Երկրում հայ արվեստը ներկայացնելու և հայ-էստոնական մշակութային կապերը զարգացնելու գործում կարևոր դեր է կատարում Տալլինի Հայ մշակույթի կենտրոնը։

1989-91-ին Տալլինում հրատարակվել է տեղի հայկական մշակութային ընկերության «Վահագն» ամսաթերթը (ընդամենը՝ 14 համար, խմբագիր՝ Անդրանիկ Գյուլգյուլյան)։ Թերթը լուսաբանել է էստոնահայ համայնքի կյանքը, հրապարակել հոդվածներ՝ նվիրված հայ ժողովրդի և հայ եկեղեցու պատմությանը, լրատվական նյութեր՝ Հայաստանում և Արցախում տեղի ունեցող իրադարձությունների մասին (հայերեն և ռուսերեն)։ 1992-ին Գոհարիկ Վարդանյան, Ավետիք Աբալյանի և Յուրի Վարդանյանի ջանքերով էստոնական պետական ռադիոյում հիմնադրվել է «Ծիծեռնակ» հայկական ռադիոհաղորդումը (շաբաթը մեկ անգամ, 30 րոպե)։ Առաջին հաղորդումը եթեր է տրվել մայիսի 28-ին։ Իրազեկում է Հայաստանի և Արցախի քաղաքական ու մշակութային իրադարձություններին, եթեր արձակում գիտական և պատմական, կրոնական թեմաներով հաղորդումներ, հայկական երաժշտություն և այլն։