1976թ. դեկտեմբերի 21-ին Պետական ընդունող հանձնաժողովը թույլ տվեց կատարել ՀԱԷԿ-ի N 1 ռեակտորի ֆիզիկական գործարկումը: Ֆիզիկական գործարկման աշխատանքները կատարում էր ՀԱԷԿ-ի շահագործման արտադրամասերի անձնակազմը` Կոլայի եւ Նովովորոնեժի աէկերի, ՙիդրոպրեսս՚ ՓԲԸ-ի եւ Կուրչատովի անվան Ատոմային էներգիայի ինստիտուտի (ԱԷԻ) ներկայացուցիչների հետ միասին:

1976թ.դեկտեմբերի 22-ին ՀԱԷԿ-ի ռեակտորը բերվեց հզորության նվազագույն վերահսկվող մակարդակի, իսկ դեկտեմբերի 28-ին N1 տուրբոգեներատորը միացվեց էներգահամակարգին:

Շինարարությանը զուգահեռ իրականացվեց սոցիալական զարգացման մեծածավալ ծրագիր. էներգետիկների բազմահազարանոց կոլեկտիվի համար կառուցվեց Մեծամոր ավանը` դպրոցով, մանկապարտեզով, պոլիկլինիկայով եւ կուլտուր-կենցաղային այլ օբյեկտներով:
Էներգաբլոկների գործարկումը, կարճ ժամանակամիջոցում նրանց նախագծային հզորության յուրացումը եւ հզորության բարձր գործակցով շահագործումը հաստատեցին կառուցվածքաին եւ նախագծային սկզբունքային լուծումների ճշտությունը:

Շինարարության բոլոր մասնակիցների գործողությունների հստակ կոորդինացման արդյունքում առավելագույնս համատեղվեցին շինարարական, տեղակայման, վերջնահարդարման եւ գործարկման կարգաբերման աշխատանքները, եւ 1980թ. հունվարի 5-ին գործարկվեց երկրորդ էներգաբլոկը:

Էներգաբլոկների հետագա շահագործումը: N 1 էներգաբլոկի շահագործման սկզբնական շրջանում իրականացվեցին նախատեսված անվտանգությանն եւ սեյսմակայունության բարձրացմանն ուղղված բոլոր լրացուցիչ նախագծային լուծումները, այդ թվում` ՑՆ-310 պոմպերը փոխարինվեցին ՑՆ-317 իներցիոն պոմպերով, անցկացվեցին պատասխանատու սպառողների հովացման համակարգերի լրացուցիչ ուղիներ: N 2 էներգաբլոկում սեյսմակայունության եւ անվտանգության բարձրացմանն ուղղված բոլոր լրացուցիչ միջոցառումներն իրականացվել էին մինչեւ էներգաբլոկի շահագործումն սկսելը:
1988թ. դեկտեմբերի 7-ին Սպիտակ քաղաքի շրջանում, որը գտնվում է ՀԱԷԿ-ից 83կմ հեռավորության վրա, տեղի ունեցավ ավերիչ երկրաշարժ:

ՀԱԷԿ-ի տարածքում գետնի տատանումների արագացումների ու արագությունների գործիքային գրանցված մեծությունը համապատասխանում էր MSK-64 սանդղակով 5-6 բալանոց երկրաշարժի: Երկրաշարժի ժամանակ ՀԱԷԿ-ի բլոկները աշխատում էին անվանական հզորությամբ. ռեակտորների՝ ՍԻԱԶ ազդանշանով ինքնաբերական (ավտոմատ) կանգը նախատեսված է MSK-64 սանդղակով 6 բալից ավելի երկրաշարժի դեպքում: 

ԽՍՀՄ Մինատոմէներգոյի հրամանով ստեղծված միջգերատեսչական հանձնաժողովը, որը պետք է որակյալ եզրակացություն տար ՀԱԷԿ-ի շենքերի, կառույցների, սարքավորումների վիճակի մասին եւ ընդհանրացումներ կատարեր երկրաշարժի պայմաններում ատոմակայանի աշխատանքի փորձի մասին: Հանգամանալի ուսումնասիրությունը ատոմակայանի շինարարական կառուցվածքներում, սարքավորումներում եւ համակարգերում երկրաշարժի սեյսմիկ ազդեցության հետ կապված խախտումներ չհայտնաբերեց:
Հանձնաժողովը եզրակացրեց, որ ՀԱԷԿ-ը դիմակայել է 5,5 բալ ուժգնությամբ երկրաշարժին:

Հանձնաժողովի կողմից շենքերի, կառույցների, սարքավորումների եւ համակարգերի վիճակի վերլուծությունը երկրաշարժի ընթացքում եւ երկրաշարժից հետո, սեյսմակայունությունը, հուսալիությունը եւ անվտանգությունը բարձրացնելուն ուղղված առաջարկները ՀԱԷԿ-ի հետագա շահագործման հնարավորության վերաբերյալ կասկածի տեղիք չէին տալիս:

Սակայն ԽՍՀՄ Մինիստրների խորհուրդը անվտանգության նկատառումներով 1989թ. հունվարի 6-ին ընդունեց ՙՀԱԷԿ-ի էներգաբլոկների կանգի եւ Անդրկովկասյան հանրապետությունների էներգամատակարարումն ապահովող միջոցառումների մասին՚ N 15 որոշումը, որով ՀԱԷԿ-ը կանգնեցվեց:

1989 թվականի փետրվարի 25-ին կանգնեցվեց ՀԱԷԿ-ի N1 էներգաբլոկը, 1989 թվականի մարտի 18-ին` N2 էներգաբլոկը:
Մինչ այդ ՀԱԷԿ-ը արտադրել էր 44 մլրդ 231մլն կՎտ.ժ էլեկտրաէներգիա:

Քաղաքական իրադարձությունները եւ շահագործման վերսկսումը: ԽՍՀՄ փլուզմանը հաջորդող քաղաքական իրադարձությունները 1990-1993թթ. հանգեցրին Հայաստանի շրջափակմանը եւ որպես դրա հետեւանք` հանրապետության էներգետիկ ճգնաժամին: Ստեղծված իրավիճակում հրատապ դարձավ ՀԱԷԿ-ի աշխատանքի վերսկսման հարցը:
Էներգաապահովման ծանր վիճակից դուրս գալու համար Հայաստանի կառավարությունը 1993թ. ապրիլին ընդունեց ՙՀայկական ԱԷԿ-ի աշխատանքը վերսկսելու մասին՚ որոշումը: 

ՀՀ էներգետիկայի նախարարությունը նախապատրաստեց ՙՀԱԷԿ-ի էներգաբլոկների աշխատանքը վերսկսելու հայեցակարգ՚ եւ ՙՀԱԷԿ-ի N 2 էներգաբլոկի անվտանգությունը բարձրացնելու միջոցառումների ցանկ՚ փաստաթղթերը, որոնք հաստատեց ՀՀ կառավարությունը: N 2 էներգաբլոկի վերականգնման աշխատանքները կազմակերպելու համար պատրաստվեցին ՙՀԱԷԿ-ի էներգաբլոկների շահագործումը վերսկսելու աշխատանքների նախապատրաստման հայեցակարգային պլան՚, ՙՀԱԷԿ-ի հետազոտության ծրագիր՚ եւ այլ փաստաթղթեր:
Նորոգման եւ վերականգնման աշխատանքներին զուգահեռ համալրվում էր շահագործող անձնակազմը, սահմանված կարգով վերանայվում էին շահագործման փաստաթղթերը, նորոգման եւ վերականգնման աշխատանքներից հետո փորձարկվում եւ նմուշափորձարկվում էին համակարգերն եւ սարքավորումները, կատարվում էր յուրաքանչյուր առանձին համակարգի տեխնիկական զննում:

ՀԱԷԿ-ի վերականգնման աշխատանքներում հսկողական եւ կարգավորող գործառույթները կատարում էր ՀՀ կառավարությանն առընթեր ՙՊետատոմհսկողություն՚ վարչությունը, որն ստեղծվել էր 1993թ. (պետ` Ա.Մ.Մարտիրոսյան):
1995թ. նոյեմբերի 5-ին ավելի քան 6,5 տարվա դադարից հետո վերսկսվեց ՀԱԷԿ-ի N2 էներգաբլոկի շահագործումը:
ՀԱԷԿ-ի շվերագործարկման շնորհիվ հանրապետությունը ծանր էներգետիկ ճգնաժամից հետո կրկին անցավ շուրջօրյա էլեկտրամատակարարման:

1993-1995թթ., ՀԱԷԿ-ի աշխատանքի վերագործարկումը նախապատրաստելու ժամանակաշրջանում ՙԱտոմէներգոսեյսմոպրոյեկտ՚ ՓԲԸ-ն ուսումնասիրեց կայանքի տարածքի սեյսմիկ պայմանները` ատոմակայանի հնարավոր վերագործարկման եւ հետագա շահագործման բոլոր հարցերը լուծելու եւ հիմնավորելու համար: Այդ աշխատանքներին անմիջականորեն եւ ակտիվորեն մասնակցում էին մեր հանրապետության, ԱՊՀ-ի եւ հեռավոր արտերկրի կազմակերպությունները:

Աշխատանքի ամբողջ ընթացքը եւ եզրահանգիչ հաշվետվությունը ուսումնասիրվել եւ քննարկվել է ՄԱԳԱՏԷ-ի փորձագետների կողմից:
Կատարված հետազոտությունների հիմնական արդյունքներից մեկը այն փաստի ապացույցն էր, որ ՀԱԷԿ-ը կառուցվել է ամբողջական (չքանդված) բազալտե բլոկի վրա, այսինքն` ապացուցվեց ՀԱԷԿ-ի հիմքի տակ տեկտոնիկ ակտիվ խզվածքի բացակայությունը:

ՀԱԷԿ-ի N 2 էներգաբլոկի վերագործարկումը նախապատրաստելու ժամանակահատվածում 1987թ. ստեղծված ՙԱտոմսերվիս՚ ՓԲԸ-ն (տնօրեն` Ա.Ռ.ալեչյան) մասնակցում էր հետազոտություններ եւ փորձարկումներ անցկացնելու ծրագրերի մշակման աշխատանքներին: ՙՀայատոմ՚ ինստիտուտը ֆրանսիական ՙCORYS T.E.S.S՚ ընկերության հետ համատեղ մշակեց կոմպակտ վարժասարք, որը ներդրվեց ՀԱԷԿ-ում, ստեղծվեց նաեւ բազմագործառական վարժասարք: ՎՆԻԻԱԷՍ-ի (Մոսկվա) հետ սերտ համագործակցությամբ ինստիտուտը ատոմակայանում ներդրեց ախտորոշիչ (դիագնոստիկ) համակարգեր: DSRS-ի (ԱՄՆ) հետ համատեղ, ԱՄՆ-ի էներգետիկայի դեպարտամենտի ֆինանսավորմամբ, ՙՀայատոմ՚ ինստիտուտը ՀԱԷԿ-ի N 2 բլոկում ներդրեց Անվտանգության հարաչափերի ներկայացման համակարգ:

2003 թվականին կավարտվի ՀԱԷԿ-ի կառավարման տեղեկատվական-հաշվիչ մեքենայի փոխարինումը արդիական տեղեկատվական-հաշվիչ համալիրով: ՙՀայատոմը՚ PNLL ՙBattele՚ ընկերության եւ Արգոնի ազգային լաբորատորիայի (ԱՄՆ) հետ համատեղ աշխատում է ՀԱԷԿ-ի N 2 բլոկի դետերմենիստական հետազոտության ուղղությամբ, իսկ իտալական ՙSOGIN՚ ընկերության հետ կատարում է N 2 բլոկի անվտանգության հավանական վերլուծությունը:

ՀԱԷԿ-ի վերագործարկումից հետո 2003թ. հունվարի 1-ի դրությամբ էներգաբլոկն արտադրել է 14 մլրդ 17 մլն կՎտ.ժ էլեկտրաէներգիա` պահպանելով Հայկական էներգահամակարգի բեռնվածքների գրաֆիկը:

Վերագործարկումից հետո մշտապես շարունակվում է կայանի անվտանգության բարձրացման գործընթացը: Կատարելագործվում է էլեկտրաէներգիայի արտադրության տեխնոլոգիան: Անընդհատ հսկողության տակ է ատոմակայանի աշխատանքը, կատարվում է շրջակա տարածքի խստագույն ճառագայթային հսկողություն:
ՀԱԷԿ-ը աշխատում է կայուն ու անվտանգ եւ հետագայում էլ կլինի Հայաստանի էլեկտրամատակարարման հուսալի աղբյուրը: